자가 포식이 일어날 때, 그 안에 끌려들어가는 물질들은, 오래된 단백질을 비롯하여, 기능이 악화된 미토콘드리아, 세포내 지방덩어리등 매우 다양하고 대개는 당장 필요가 없거나, 아니면 염증을 일으키는 등 세포의 생존에 오히려 방해가 되는 것들이기 때문에 자가 포식은 일종의 분리수거 및 재활용 시스템이라고 할 수 있습니다. 

그러나, 만약 자가포식이 지나칠 정도로 심하게 일어나면 결국 세포도 죽게 되는데, 이와 같은 현상을 II형 세포사 (type II cell death)인 자가포식세포사 (autophagic cell death)라고 하며, I형 세포사 (type I cell death)인 세포자멸사 (apoptosis) 및 괴사(necrosis)와 구분합니다. 자가포식을 초기에 연구할 때는 상당히 심한 자극을 주고 세포가 죽어가는 과정에서 일어나는 것을 관찰했기 때문에 이것이 세포의 자멸사와 유사한 형태라고 생각하기도 했지만, 지금은 세포의 방어기전으로 생각됩니다.

자가포식은 동물세포에서만 일어나는 것이 아니라 효모에서도 일어날 정도로 진화론적으로 매우 오래되고 잘 보존되어 있는 자기방어 기전입니다. 처음에는 분명히 자기 방어적인 이유로 이러한 기전이 사용되었겠지만, 그 이후로 진화되는 과정에서 인체의 다른 기전들과 합쳐지면서 다양한 기능을 가지게 되었습니다.

그러므로 자가포식은 최근에는 인체의 면역력을 높이거나, 혹은 노화를 방지하는 효과 등이 잘 알려져서 이에 대한 많은 연구가 진행되고 있습니다.

자가 포식이라는 기본적인 현상에 여러 가지 면역반응이 연결되어서 다양한 기능이 일어납니다. 예를 들어 라이소좀 안에는 MHC 분자가 존재하므로 자가 포식이 일어나서 세포안의 미생물이 분해되면 항원제시가 될 수 있으므로 항체가 더 많이 만들어지거나 T세포 면역이 더 강하게 일어날 수 있습니다.

결핵균과 같은 균은 대식세포안에서도 생존이 가능한데 이것을 자가포식으로 제거할 수도 있습니다. 실제로 결핵균의 치료제는 자가포식을 일으켜서 결핵균을 제거하는 것으로 알려져 있습니다.

뿐만 아니라, 자가포식이 억제될 때 많은 질병이 나타나고 염증반응이 일어나기 때문에 최근에는 질병과 관련하여 많은 연구가 진행되고 있습니다. 

대체적으로 자가 포식을 증가시키는 것이 질병예방과 노화에 도움이 됩니다.