유전자를 전사하기 위해선 무엇을 해야 하는가? 먼저 히스톤에 꽁꽁 묶여있는 DNA를 풀어서 염색질(Chromatin) 구조를 느슨하게 만들어 주어야 한다.

히스톤은 주로 양전하를 띄는 아미노산(리신, 아르기닌, 히스티딘)이 많아 음전하를 띄는 DNA의 반발력을 전기적으로 중화시킨다.

히스톤은 8개의 소단위체로 구성되며, 각각의 소단위체에서 노출되어 있는 C 말단 꼬리(C-terminal tail) 영역에 아세틸화(Acetylation), 메틸화(Metylation), 인산화(Phosphatation) 등의 분자적 변화가 주어질 경우, 염색질 구조가 변하게 된다.

위에는 히스톤의 H3 소단위체 꼬리 영역의 어느 부분에 아세틸화가 되었을 때 각각 어떠한 결과를 나타내는가를 보여준다.
일반적으로 히스톤이 아세틸화되면 염색질 구조가 느슨해져 유전자 발현이 비교적 용이해지고, 메틸화될 경우 반대의 결과가 나타난다.
(당연히 항상 이러하진 않다)
초기 발생 과정을 생각해보자. 초기 발생에서 가장 먼저 나타나는 현상은 난할(Cleavage)이다.
난할은 세포 주기(Cell cycle)에서 S기와 M기, 매우 짧은 G1, G2기가 나타나는 단계로, 반복적으로 분열하여 세포의 수가 증가하는 단계다.
난할을 통해 수를 한참 늘린 후에 슬슬 분화를 하고 싶다. 그러면 분화에 필요한 유전자를 발현시켜야 한다.
난할을 막 끝낸 세포의 염색체는 어떤 상태인가? 당연히 막 분열이 끝났으므로 강하게 응축되어 있는 상태다. 이 상태에서는 유전자의 발현이 불가능하다.